Decyzję o zastosowaniu hydrokolonoterapii podejmuje lekarz prowadzący na podstawie oceny stanu klinicznego pacjenta, wywiadu medycznego oraz innych istotnych informacji klinicznych.
Jeżeli terapia zostanie uznana za zasadną i nie występują przeciwwskazania, opracowywany jest indywidualny plan postępowania. Zabieg wykonywany jest pod nadzorem medycznym i stanowi element całościowego planu terapeutycznego.