Decyzję o rozpoczęciu leczenia podejmuje lekarz po przeprowadzeniu szczegółowej oceny stanu zdrowia pacjenta. Obejmuje ona szczegółową analizę zgłaszanych objawów, dotychczasowej historii chorób, stosowanych leków oraz istotnych obciążeń rodzinnych.
W razie wskazań mogą zostać zlecone badania laboratoryjne, badanie stolca, diagnostyka obrazowa lub endoskopowa w celu doprecyzowania rozpoznania oraz wykluczenia poważniejszych schorzeń.
Na podstawie całościowej oceny opracowywany jest indywidualny plan leczenia. Terapia jest dostosowywana w czasie w zależności od reakcji klinicznej, z celem uzyskania kontroli objawów, poprawy funkcjonowania przewodu pokarmowego oraz długoterminowej stabilizacji stanu zdrowia.